唐灭高昌时，高昌王国有交河、田地、南平3郡；白苏、永安、无半、盐城、柳婆、始昌、林、新兴、龙泉、安昌、酒泉、威神、横截14县；高宁、临川、宁戎、永昌、诸城、笃进、东镇7城。唐贞观十三年（639年）高昌叛唐，投西突厥，阻断西域通道。唐贞观十四年（640年）唐灭高昌，高昌王国结束了180年的历史。公元640年，唐派吏部尚书候君集为交河道行军大总管率师伐高昌。平定高昌后，设西昌州，改为西州，实
吐鲁番
行县（乡）、里制，下辖五县。高昌县、柳中县、交河县、天山县（今托克逊县境内）、蒲昌县（今鄯善县境内）。唐置西州的同年，设安西大都护府于交河城，以乔师望为首任安西都护兼西州刺史。安西大都护府领辖22个都督府，118个州。唐贞观二十二年（648年），安西大都护府迁至龟兹。唐永徽元年（651年），复撤回西州。唐显庆三年（658年），再次迁龟兹。西州改置为西州都督府。唐龙朔二年（662年），吐蕃军队进入西域，开始了与唐长年的西域争夺。唐咸亨元年（670年），吐蕃与西突厥联兵攻陷西域十八州，唐放弃安西四镇，退守西州。唐昌元年（689年）安西大都护府复移至西州。唐长寿元年（692年），又迁于龟兹。唐开元二年（714年），唐置天山军于西州境。唐天宝元年（742年），改西州为交河郡。唐乾元元年（758年），又恢复西州原建置。唐贞元六年（790年），吐蕃与回鹘争夺北庭（今吉木萨尔），吐蕃占北庭。随后，攻占西州。吐蕃与回鹘对西州进行了长年反复的争夺，终回鹘控制了西州。唐咸通七年（866年），北庭回鹘仆固俊克西州，建立以高昌为中心的高昌回鹘王国，国都高昌城。史称“西州回鹘”或“高昌回鹘”。